Айкидо было создано в первой половине XX века одним из наиболее выдающихся мастеров боевых искусств - Уэсиба Морихэем. Айкидо относится к "Новым Воинским Путям" в отличие от Ко-Будо или "Старинных Воинских Путей" феодальной Японии. Техническую базу айкидо составляют айки-дзюцу, кэн-дзюцу, различные стили дзю-дзюцу, философскую – синтоизм, буддизм, дзэн-буддизм, Омото-кё, этика Бусидо.
Айкидо представляет собой одновременно и сумму, и превышение, и упрощение старинных восточных единоборств. В течение первых лет работы над ним, называя его "Айки-Дзюцу", "Ко-Бу-Дзюцу", "Айки-Бу-Дзюцу" и "Айки-Будо", Уэсиба думал о новом варианте старинного Айки-дзюцу. Но под влиянием доктрины Омото-Кё он заимствовал доктрину Каибара Эккёна (1630 — 1714), самурая из клана Курода, который проповедовал "любовь ко всякой вещи и гармонию с природой через отношение доброжелательности, основанное на владении энергией Ки".
О-сэнсей (большой / великий учитель) М. Уэсиба родился 14 декабря 1883 года в японском городе Танабе, префектура Вакаяма, в небогатой семье самурайского рода. Будучи выходцем из старинной самурайской семьи, он с детства воспитывался в традициях дзэн-буддизма и, согласно требованиям кодекса Бусидо, с обязательным изучением воинских искусств. Его отец был оружейным мастером клана Кии и возглавлял отряд самообороны в своей деревне. С десяти лет он обучал сына кэн-дзюцу (искусство меча) и со-дзюцу (искусство копья) школы Аои.
Первым учителем Морихэи Уэсиба был Токусабуро Тодзава, мастер дзю-дзюцу Кито-рю. В 1903 году Уэсиба поступил добровольцем в армию и участвовал в русско-японской войне. В "армейский" период его учителем был Масакацу Накаи (дзю-дзюцу гото-ха ягю-рю), техника школы которого стала основной при работе рук и ног в айкидо. Накаи был потомком семьи Ягю, члены которой известны в Японии в области искусства обращения с мечом. В 1906 году Уэсиба вернулся в родной Танабэ. В 1908 он получил "мэнкё" (сертификаты) школы Кито-рю (за дзю-дзюцу), "Ягю-Син-Кагэ" (за кэн-дзюцу) и "Тэндзин-Синъё" (за дзю-дзюцу).
В 1910 году М. Уэсиба по призыву правительства отправился на остров Хоккайдо, где занимался освоением незаселенных земель. В тяжёлых условиях голода, неблагоприятных погодных условий и тяжёлого неблагодарного сельскохозяйственного труда проходило освоение земель Хоккайдо. Благодаря своей самоотверженной работе и постоянной общественной деятельности по защите прав поселян Уэсиба получил титул "короля Сиратаки" (одной из провинций Хоккайдо).
В 1915 году, в период проживания поселенцем на Хоккайдо, Уэсиба, при посредничестве Катаро Ёсида был представлен мастеру Сокаку Такеда и стал его учеником. Эта встреча имела важное значение для будущего развития техники айкидо. Сокаку Такэда на тот момент один из самых авторитетных мастеров боевых искусств, практиковавшего Дайто-рю айки-дзюцу. Эта разновидность дзю-дзюцу (джиу-джитсу) имела перед другими стилями важное преимущество, так как буквально все тело бойца превращалось в оружие, которое использовалось в метательной, ударной и рычаговой техниках боя. Айки-дзюцу уже тогда впитало в себя многие элементы искусства борьбы с мечом (кэн-дзюцу), а также действенные способы выведения противника из равновесия (кудзуси) и болевого воздействия (атэми). Особое значение уделялось концентрации (ай) физической и духовной сил.
Последующие семь лет он учился у этого мастера. В то время Сокаку Такеда находился в расцвете жизни и на вершине своих возможностей.
В 1922 г. в возрасте 39 лет Уэсиба в составе группы всего из 23 человек получил степень "Кёдзю Дайри" (Этим рангом отмечалось владение основным техническим арсеналом Дайто-Рю). Морихэи Уэсиба получил разрешение на преподавание Дайто-рю айки-дзюцу, при условии, что он будет брать ученики только хороших людей.
Что наиболее привлекло Уэсиба в учении айки-дзюцу - так это динамическая реализация закона "Айки" (Соединения Энергий), а также его применение к практике боя без оружия, то есть к практике, соответствующей новой эпохе, переживаемой Японией, и способной более полно удовлетворить его собственные философские запросы.
В том же 1916 году М. Уэсиба встречается с известным проповедником нового философского течения Омото-кё Ванисабуро Дэгути - своим будущим духовным наставником. В том же году у Морихея Уэсиба умирает отец, и, вернувшись на время в свой дом, мастер оказывается заполнен мыслями о бренности существования человека, его судьбе и мироустройстве. Ответы на эти вопросы он находит для себя в Омото-кё. Представители школы считали, что "мир и гармония в этом мире могут быть достигнуты только любовью, терпимостью и добром". Омото-кё оказало столь сильное влияние на мировоззрение Уэсибы, что он даже переехал в город Аябэ - центр Омото-кё. Там Уэсиба, по настоянию общины, открывает школу боевого искусства для того, чтобы тренироваться самому и тренировать сторонников Омотэ-кё. Каждый день мастера состоит там из сельскохозяйственного труда, боевой практики с мечом или копьём, единоборств с учениками, обучения и медитации.
Весной 1924 года Уэсиба и Дэгути отправились в миссионерское путешествие в Манчжурию, а затем - в Монголию, но попали в 1925 году в многомесячное заключение, из которого их выручил японский отряд. Частые встречи со смертью сильно изменили Уэсибу. По возвращению из Монголии он увеличил интенсивность своих занятий воинскими искусствами. Даже уединился в горах, где занимался аскетическими тренировками.
В 1925 году 42-летний М. Уэсиба переживает особое состояние сознания – просветление (сатори), которое очищает его сердце от сомнений и настраивает на понимание истины боевого пути. Уэсиба осознаёт, что боевое наполнение жизни – оберегающая сила, ответственность перед всем живым на Земле и справедливость. С этого времени Морихэи Уэсиба сосредотачивается на совершенствовании техники нового единоборства, в которое вкладывает и философию миролюбия и гармонии. Появляется айкидо – боевое искусство, представляющее собой синтез всех известных основателю воинских искусств и духовных дисциплин. Его искусство становилось популярным. Многие приезжали к Уэсибе, чтобы получать у него уроки, многие – чтобы бросить ему вызов.
В 1927 году Уэсиба покинул Аябэ и переехал в Токио, где преподавал в додзё, расположенном в его собственном доме.
В 1930 году он начал строительство додзё в Вакама-цу-Сё, "Кобукан", которое было открыто в апреле 1931. Из-за чрезвычайно трудных тренировок, проходивших в зале Кобукан, он был прозван "Дзигоку-додзё" (Зал Преисподней).
В 1940 году Кобукан приобрел особый статус, утвержденный Министерством Здравоохранения, а в 1941 году Бутоку-кай (официальный союз японских боевых искусств) решил признать Уэсиба-рю-айки-будо. Но именно в это время Уэсиба, вопреки всяким ожиданиям, покинул Токио. Он поручил руководство Кобуканом своему сыну, и поселился в маленькой деревне Ивама (префектура Ибараги). Укрывшись в этом мирном убежище (шла война) Уэсиба тренируется, молится и медитирует.
Фактически, сначала он не мог остановится ни на одном имени, и называл свою школу сначала Уэсиба Дзюку Айки-Дзю-Дзюцу, потом Айки-Бу-Дзюцу, далее Кобукаи Айки-Будо, Тэншсин Айки-Будо, Такэмусу Айки и, наконец, в 1942 году он дает окончательное название своему искусству: Айкидо. Это название в том же году было впервые зарегистрировано Минору Хираи в центре Бутокукаи, тогда представлявшем высший авторитет в области боевых искусств Японии.
В Ивама Уэсиба открыл новое додзё и заложил фундамент храма, посвященного Айкидо и Кото-Тама: Айки-Дзи.
В 1948 году он поддержал создание Айкикай под руководством своего сына Уэсиба Киссомару, с резиденцией в Токио.
26 апреля 1969 года в Токио Морихэи Уэсиба умер в возрасте 86 лет от застарелого заболевания печени. До последнего Мастер выступал на публику, пропагандируя айкидо как искусство победы с помощью непротивления злу. Умер, окруженный своими учениками, до самой своей смерти оставшись непобедимым.